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Qu'est-ce qui met le LLNL au centre du supercomputing americain en 2020 ?

Qu'est-ce qui met le LLNL au centre du supercomputing americain en 2020 ?

Le monde du HPC, en particulier aux États-Unis, attend la prochaine série de transitions vers des machines beaucoup plus grandes avec des capacités exascales. À la même époque l'année prochaine, le classement semestriel des 500 meilleurs systèmes les plus puissants sera actualisé au sommet lorsque Frontier, El Capitan, Aurora et d'autres supers DoE seront mis en ligne.

Entre-temps, il y a eu plusieurs systèmes pré-exascale qui sont apparus plus récemment dans les laboratoires nationaux américains, sans parler de plusieurs travaux  de recherche qui arboraient une véritable diversité architecturale, des processeurs basés sur Arm, aux derniers GPU de Nvidia et d'AMD, ne pas mentionner AMD comme une force CPU croissante dans le HPC ou la nouvelle vague d'accélérateurs spécifiques à l'IA.

Lawrence Livermore National Lab a été à la pointe de toutes ces architectures au cours de l'année dernière, en particulier sur des systèmes tels que la machine Mammoth qui vient d'être annoncée, le supercalculateur Corona étendu, les supercalculateurs Sierra et Lassen existants qui ouvrent la voie à El Capitan, et à partir d'aujourd'hui, encore une autre machine dans la gamme, Ruby, un super 100% CPU (Intel Platinum) de première classe, auquel nous reviendrons dans un instant. Tout cela est associé à des investissements récents dans des accélérateurs d'IA, y compris un rack SambaNova attaché à Corona et la machine Cerebras à l'échelle de la tranche attachée à Lassen.

Tous ces développements ont fait du laboratoire un sujet à surveiller cette année du point de vue des applications, mais c'est l'ajout de tant de nouveaux matériels qui les a maintenus au premier plan du cycle de l'actualité tout au long de l'année.

Alors que le centre planifiait déjà l'accélération de l'IA pour ses objectifs de simulation cognitive et avait un certain nombre de grappes en préparation, c'est le financement du coronavirus qui a vraiment intensifié ses ambitions HPC sur un certain nombre de machines. La loi CARES a permis d’élargir la taille de Mammoth, l’extension du supercalculateur Corona (le nom du système est une coïncidence), et il en va de même pour le dernier ajout, Ruby.

«Nous avons adopté une approche différente de celle des trois autres laboratoires qui ont obtenu un financement de CARES. Certains ont introduit un système unique pour atteindre une petite partie de leur flux de travail COVID. Nous sommes sortis et avons parlé aux équipes d'application pour voir ce qu'elles manquaient et avons introduit des systèmes et les avons équilibrés pour aborder différentes parties du flux de travail global pour le coronavirus au lieu de simplement laisser tomber un seul système sur le sol », Trent D'Hooge, intégration HPC et administrateur système chez LLNL, nous dit.

En étant habile à créer un flux de travail inter-machine pour sa partie de la recherche financée par CARES, l'équipe a pu obtenir le maximum pour son argent avec plusieurs machines, en ajoutant à certaines tout en utilisant également l'opportunité de faire des choses intéressantes pour certains backend. opérations, y compris le travail sur leurs systèmes de fichiers et plates-formes de gestion de données, comme décrit un peu plus en détail dans notre description de la récente machine Mammoth. Mammoth faisait partie des 8,7 millions de dollars de financement de la Loi CARES que Lawrence Livermore a reçus pour aider à lutter contre la pandémie de coronavirus plus tôt cette année. Ces fonds ont été utilisés pour construire le supercalculateur «Corona», dont nous avons également parlé ici le mois dernier.

«Nous étions stratégiques sur le financement et pourrions nous associer à AMD et Intel pour faire en sorte que nos dollars aillent plus loin que ce qui aurait pu arriver avec d'autres. En arrière-plan, nous avions notre simulation cognitive et les choses normales comme El Capitan qui percolaient en arrière-plan », ajoute Ian Karlin, un informaticien impliqué dans plusieurs des nouvelles machines.

Le caractère unique de la distribution des fonds CARES par LLNL a permis au laboratoire de rester à l'avant-garde du HPC sur plusieurs fronts, permettant des mises à niveau et leur a permis d'ajuster les parties clés du flux de travail de recherche Covid lié à CARES à la bonne architecture compte tenu de la gamme. d'options désormais disponibles sur AMD, Nvidia, Intel et d'autres accélérateurs spécifiques à l'IA.

Vous trouverez ci-dessous un aperçu des ressources informatiques de LLNL dans leur ensemble, triées par les plus puissantes en termes de capacités, avec Mammoth en bas en raison d'un manque d'informations mises à jour pour ce graphique. Cliquez pour ouvrir en entier.

Le nouveau cluster Ruby, illustré en haut, est un bourreau de travail considérable. D'Hooge dit qu'ils avaient installé LINPACK à temps pour l'annonce du Top 500 dans quelques jours en une semaine, ce qui devrait les placer dans le top 100. Il n'y a rien d'extraordinaire dans le système, nécessairement, à part l'eau Asetek refroidissement, qui impliquait l'ajout d'une boucle secondaire via un Motivair CDU avec 1,5 mégawatts de capacité de refroidissement) avec Supermicro et Asetek déterminant la configuration de refroidissement optimale. Le centre de données où Ruby prend en charge 80 kW par rack, mais jusqu'à présent, les équipes n'en utilisent que 60.

Les chercheurs du LLNL COVID-19 ont également commencé à utiliser Ruby pour calculer les calculs d'amarrage moléculaire nécessaires pour découvrir de petites molécules capables de se lier à des sites protéiques dans la structure du SRAS-CoV-2 à des fins de découverte de médicaments.

«Ruby est excellent pour exécuter les calculs d'amarrage moléculaire», a déclaré Felice Lightstone, chef du groupe des systèmes biochimiques et biophysiques de LLNL, qui dirige le travail sur les petites molécules COVID-19. «Notre accès anticipé sur Ruby nous permet de cribler environ 130 millions de composés par jour en utilisant toute la machine. Alors que notre effort thérapeutique COVID-19 s'oriente vers l'optimisation des composés que nous avons identifiés comme prometteurs, Ruby nous permet de maximiser le débit de nos nouvelles conceptions », a déclaré Chris Clouse, directeur du programme par intérim du programme ASC de LLNL.

Pour toute question complémentaire, vous pouvez contacter:

Eric Patton, responsable marketing chez Boston SARL
eric@boston-it.fr

+33 04 88 56 70 33

3Commentaires

    • Avatar
      Scott Zoeerd
      déc. 7, 2020

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    • Avatar
      Michael Jarvis
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